水鳖的雄花序腋生;花序梗长0.5-3.5厘米;佛焰苞2枚,膜质,透明,具红紫色条纹,苞内雄花5-6朵,每次仅1朵开放;花梗长5-6.5厘米;萼片3,离生,长椭圆形,长约6毫米,宽约3毫米,常具有红色斑点,尤以先端为多,顶端急尖;
花瓣3,黄色,与萼片互生,广倒卵形或圆形,长约1.3厘米,宽约1.7厘米,先端微凹,基部渐狭,近轴面有乳头状突起;雄蕊12枚,成4轮排列,最内轮3枚退化,最外轮3枚与花瓣互生,基部与第3轮雄蕊联合,第2轮雄蕊与最内轮退化雄蕊基部联合,最外轮与第2轮雄蕊长约3毫米,花药长约1.5毫米,第3轮雄蕊长约3.5毫米,花药较小,花丝近轴面具乳突,基部有毛;花粉圆球形,表面具凸起纹饰。雌佛焰苞小,苞内雌花1朵;
花梗长4-8.5厘米;花大,直径约3厘米;萼片3,先端圆,长约11厘米,宽约4毫米,常具红色半点;花瓣3,白色,基部黄色,广倒卵形至圆形,较雄花花瓣大,长约1.5厘米,宽约1.8厘米,近轴面具乳头状突起;退化雄蕊6枚,成对并列,与萼片对生;腺体3枚,黄色,肾形,与萼片互生;花柱6,每枚2深裂,长约4毫米,密被腺毛;子房下位,不完全6室。