短梗狸藻的花序为总状花序,直立,长5至44厘米,花位于中部以上,疏生或密生共1至15朵,无毛被。花序轴丝状,直径0.3至1.2毫米,具1至12枚鳞片。苞片与鳞片同形,中部着生,呈狭长圆状披针形或倒披针形,顶端渐尖,基部渐尖、急尖或钝尖,长2至3毫米。小苞片为狭长圆状披针形或线状披针形,长1至2毫米。
花梗丝状,长2至3毫米,顶端圆,下唇短,为横椭圆形或圆形;花梗于花期直立,果期展开或反折。花萼2裂至基部,裂片不等,密生细小乳突,无毛;上唇为卵状长圆形,长2至3毫米,顶端圆形;下唇短,呈横椭圆形或圆形。花冠为紫色、蓝色、粉红色或白色,喉部常有黄斑,长4至10毫米;上唇为狭卵状长圆形,顶端为圆形或截形,长于上萼片;下唇近圆形,顶端微凹或全缘,喉隆起;距为狭圆锥状或近筒状,基部为宽圆锥状,弯曲或直,通常长于下唇并与其平行或成钝角。雄蕊2枚,无毛;花丝线状,长1毫米;药室汇合,具细小乳突。雌蕊无毛;子房球形,上位,1室,特立中央胎座;花柱短;柱头下唇为圆形,上唇极小,为正三角形。花期为6月至次年春。